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La cappella Sistina, costruita tra il 1477 e il 1481 su progetto di Giovannino de' Dolci e Baccio Pontelli, è un'aula rettangolare con volta a botte ribassata collegata alle pareti da pennacchi e vele. La zona riservata al clero è separata da quella dei fedeli mediante una transenna in marmo scolpita da Mino da Fiesole, Andrea Bregno e Giovanni Dalmata, autori anche della cantoria. Le tarsie pavimentali riprendono la tradizione cosmatesca.
La cappella Sistina è un'aula rettangolare (40,9 × 13,4 m, alta 20,7 m) con volta a botte ribassata collegata alle pareti laterali da pennacchi e vele. L'interno è organizzato su tre fasce orizzontali: in basso tende dipinte a trompe-l'oeil alternate a ritratti di papi; al centro i due cicli pittorici paralleli delle Storie di Mosè (parete nord, prefigurazione) e delle Storie di Cristo (parete sud, compimento); in alto una serie di finestre illuminate da una galleria. La zona presbiteriale era separata dalla navata dalla transenna marmorea di Mino da Fiesole, Bregno e Dalmata. Il pavimento a tarsie cosmatische riprende la tradizione romanica romana. La scelta degli artisti — Botticelli, Perugino, Ghirlandaio, Rosselli, Signorelli — testimonia la volontà di Sisto IV di riunire i migliori pittori italiani in un programma celebrativo del primato papale.