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Il livello inferiore della Basilica di San Francesco ad Assisi, commissionata da papa Gregorio IX, ospita la tomba del santo ed è probabilmente compiuto entro il 1239. La pianta è a croce commissa, a forma di T: una sola navata di quattro campate, il transetto e un'abside semicircolare. Gli interventi trecenteschi ne alterano in parte l'aspetto: si aprono cappelle ai lati della navata e si costruisce un atrio d'ingresso, il nartece, in cui finisce per essere assorbita la prima campata. Le campate sono coperte da volte a crociera ogivali ribassate, con robusti costoloni che poggiano su pilastri tozzi.
La basilica di Assisi è formata da due chiese sovrapposte, che accostano stili e soluzioni anche in aperto contrasto. Nella chiesa inferiore prevale il carattere romanico: sopra di essa grava la Chiesa superiore di San Francesco, e per sostenerla l'ambiente resta basso e compresso, tanto da ricordare più una cripta che un'aula di culto. La scelta si accorda con il suo compito di custodire le spoglie del fondatore; e quel peso sostenuto dalle volte può essere letto anche come immagine di Francesco, sepolto qui, che regge l'intero ordine.
Prima che nel Trecento si aprissero le cappelle laterali, l'aspetto massiccio e quasi sotterraneo dell'interno era ancora più accentuato: la muratura continua era interrotta soltanto da finestre strette. Basta guardare la chiesa superiore, il cui altare papa Innocenzo IV consacra nel 1253, per cogliere la differenza: sulla stessa pianta a T si alza un'aula luminosa e slanciata, capolavoro del Gotico europeo.