La seconda versione della Vergine delle rocce (199 × 122 cm, olio su tavola) è consegnata alla Confraternita quando Leonardo ritorna a Milano nel 1508. Si distingue dalla prima per colori più freddi, dimensioni maggiori dei personaggi, aspetto più rigido e statico, l'angelo non in relazione con lo spettatore e non indica il Battista, e l'aureola del Bambino e del Battista. L'intervento diffuso di De Predis ha normalizzato e mitigato gli elementi più innovativi della prima versione.
Vergine delle rocce (Louvre)(rielaborazione) — La seconda Vergine delle rocce, realizzata con Ambrogio De Predis, riprende la composizione della prima versione introducendo le aureole e il gesto indicante dell'angelo, su richiesta della confraternita committente.