Fra il tardo Cinquecento e i primi decenni del Seicento Milano diventa il laboratorio più coerente dell'arte della Controriforma, sotto la guida dei due arcivescovi Borromeo. L'architettura sacra abbandona la complessità manierista per soluzioni sobrie e razionali, con navate uniche ampie e ben illuminate, pensate per la predicazione, per la visibilità dell'altare e per l'amministrazione dei sacramenti secondo le nuove norme. La pittura, con Cerano, Morazzone e Giulio Cesare Procaccini, punta invece sull'immediatezza emotiva: realismo dei volti e degli stracci, luce drammatica, gesti eloquenti che coinvolgono direttamente il fedele e trasformano la carità e il martirio in esperienza condivisa. Il nome esteso della scuola nel catalogo era «Controriforma milanese (età borromaica)».
Carlo Borromeo, arcivescovo dopo il concilio di Trento, riorganizza la diocesi e detta precise istruzioni sulla costruzione delle chiese e sugli arredi liturgici, mentre gli ordini nuovi, gesuiti in testa, costruiscono le proprie sedi cittadine. Dopo la peste e la canonizzazione di Carlo, il cugino Federico Borromeo prosegue l'impresa promuovendo grandi cicli figurativi sulla vita del santo e fondando istituzioni per la formazione degli artisti.