Figlio di Alfonso I d'Este e di Lucrezia Borgia, arcivescovo di Milano giovanissimo e cardinale dal 1538, visse tra Ferrara, la corte di Francia e Roma, dove fu tra i porporati più munifici e più volte candidato al soglio pontificio. Nominato governatore di Tivoli nel 1550, vi fece costruire Villa d'Este, capolavoro di architettura e giardino manierista progettato da Pirro Ligorio, celebre per le fontane e i giochi d'acqua ispirati all'antico. Protettore di Benvenuto Cellini, per lui fu ideato il modello della Saliera, che l'orafo realizzò poi in oro per Francesco I di Francia; sostenne inoltre Girolamo da Carpi e Livio Agresti.