Cugino di Carlo Borromeo, cardinale e arcivescovo di Milano dal 1595, ne proseguì l'opera di riforma unendovi un programma culturale ambizioso: fondò la Biblioteca Ambrosiana (1607), la Pinacoteca (1618) e l'Accademia del disegno (1621), e nel De pictura sacra teorizzò un'arte religiosa chiara, decorosa e devota. Guidò la promozione del culto del cugino Carlo, canonizzato nel 1610, commissionando al Cerano i grandi teleri dei Quadroni di san Carlo per il Duomo di Milano e a Giulio Cesare Procaccini la serie dei Miracoli di san Carlo. Collezionista attento, raccolse opere di Leonardo, Caravaggio e Jan Brueghel, con cui intrattenne una lunga corrispondenza.