La chiesa di San Michele in Isola è la prima opera nota di Codussi. La facciata mostra un evidente influsso di Leon Battista Alberti, e in particolare del progetto del Tempio Malatestiano di Rimini, così come è documentato nella medaglia di Matteo de’ Pasti.
Il frontone semicircolare della facciata deriva dalla tradizione bizantino-veneziana, mentre è del tutto inedito l’uso esclusivo della pietra d’Istria per rivestire l’intera superficie esterna del prospetto: il suo bianco candore mette in risalto la calibrata policromia dei tondi in marmo che circondano l’oculo centrale. I volumi sono articolati in modo semplice e lineare, strutturati secondo la ripetizione di un modulo quadrato. Codussi dedica grande cura anche alla resa dell’apparato plastico e decorativo, che si sovrappone armonicamente alla struttura architettonica senza mai nasconderla o alterarla. Internamente la chiesa ha una pianta longitudinale, suddivisa in tre navate scandite da una teoria di archi a tutto sesto impostati su colonne.